El Barcelona Supercomputing Center (BSC-CNS) i l’Institut de Recerca de la Sida IrsiCaixa han desenvolupat un mètode bioinformàtic per predir l’efecte de cada mutació en la resistència del virus als antiretrovirals. Un article publicat al Journal of Chemical Information and Modeling explica com aquest mètode ha estat eficaç per predir les resistències als fàrmacs amprenavir i darunavir de virus amb mutacions genètiques a la proteasa del VIH-1, que és una proteïna essencial per a la replicació del virus. Aquest mètode podria ser fàcilment aplicat a altres fàrmacs i proteïnes.
En l’actualitat, la predicció dels efectes de les mutacions del VIH sobre l’eficàcia dels fàrmacs es fa en base a la informació obtinguda d’altres pacients. És un coneixement acumulatiu que té limitacions, com per exemple que no pot donar cap resposta quan el virus desenvolupa una mutació que abans no ha estat registrada. El mètode desenvolupat pel BSC i IrsiCaixa supera aquestes limitacions, ja que fa les prediccions en base a les característiques de cada mutació genètica i als canvis que aquesta mutació provoca en les proteïnes del virus que actuen com a dianes dels fàrmacs.
El mètode combina la seqüenciació de l’ADN del VIH, la detecció de les mutacions genètiques, el modelatge computacional de les proteïnes i la simulació de l’acoblament dels fàrmacs amb les proteïnes del virus. Aquesta anàlisi bioinformàtica pot ser executada en menys de 24 hores en un equip informàtic a l’abast de qualsevol laboratori. Una de les claus és la utilització de PELÉ, un software de simulació desenvolupat al BSC per predir la interacció dels fàrmacs amb les seves dianes. El BSC ha creat una plataforma automàtica disponible via web en la qual, de manera gratuïta, els investigadors que ho desitgin poden introduir la seqüència genòmica de la proteasa HIV-1 PR d’un pacient i predir l’eficàcia de subministrar-los els fàrmacs amprenavir i darunavir. De moment, aquestes són les úniques prediccions disponibles, a l’espera d’avançar en la recerca al voltant dels efectes de les mutacions del VIH sobre altres proteïnes del virus i les interaccions amb altres fàrmacs antiretrovirals.
