Durante el X Simposio de Biopsia Líquida, celebrado en Santiago de Compostela, Marco Gerlinger, del Barts Cancer Institute de Londres, abordó el seguimiento de tumores gastroesofágicos desde el diagnóstico hasta la fase final de la enfermedad quimio-refractaria mediante ADN tumoral circulante (ctDNA, por sus siglas en inglés).
En primer lugar, afirmó que “estos tumores son muy agresivos, ya que presentan una supervivencia a largo plazo en torno al 50%”. Seguidamente, describió el estudio ICONIC, un ensayo de Fase II de un solo brazo que evaluó el uso de FLOT (fluorouracilo, leucovorina, oxaliplatino y docetaxel) en combinación con avelumab (anti-PD-L1) como tratamiento preoperatorio en pacientes con adenocarcinoma gástrico, de la unión gastroesofágica o esofágico resecable. “Los criterios de inclusión consideraron tumores en estadios CT1-4, cN0-2, PET/CT negativo, con o sin laparoscopia de estadificación, y un estado funcional ECOG de 0-1”, pronunció.
El esquema del estudio siguió una estructura cronológica que comenzó con la administración de cuatro ciclos de FLOT más avelumab cada dos semanas en la fase preoperatoria. Posteriormente, se realizó la cirugía en un periodo de cuatro a ocho semanas después de la finalización del último ciclo. Tras la intervención quirúrgica, los pacientes continuaron con el tratamiento posoperatorio, que consistía en cuatro ciclos adicionales de FLOT más avelumab con la misma frecuencia. Finalmente, se llevaron a cabo visitas de seguimiento de seguridad a los 30 y 90 días después de la cirugía, con un periodo de vigilancia prolongado hasta los cinco años.
Además, el estudio contempló la recolección de ctDNA en distintos momentos clave: antes de cada ciclo de tratamiento, antes y después de la cirugía y durante el seguimiento. “Nos interesaba la positividad de ctDNA antes y después de la cirugía”, admitió Gerlinger. A continuación, expresó que “la tasa de respuesta patológica completa fue del 15%”. Sin embargo, subrayó que el problema radica en que “existen recidivas en pacientes que no son positivos a ctDNA”.
En cuanto a rastreo clonal de ctDNA de exoma completo, pasando del diagnóstico a la enfermedad terminal, especificó que “el objetivo era muestrear toda la población de células cancerosas con un enfoque basado en exoma profundo (1000-1500x)”. Para ello, admitió que “emplearon técnicas de corrección de errores como MBC y Duplex, con un límite de detección de frecuencia alélica variante (VAF) del 0,5%”. Además, detalló los puntos temporales clave para la toma de muestras: biopsia FFPE en el momento del diagnóstico, ctDNA antes del inicio de la terapia sistémica para la enfermedad metastásica y ctDNA en los puntos de progresión de la enfermedad: PD1, PD2 y PD3. “La mayoría de las veces superamos los 1000 exomas y vimos que los datos nos proporcionaron buenos conocimientos sobre la potencia de esta técnica”, matizó.
Sobre la carga de las mutaciones, expresó que “es importante para predecir la inmunogenicidad, el diseño de vacunas neoantígenas, etc.”, a la vez que mencionó que “hay mutaciones únicas en biopsia, en ctDNA y otras en ambas”. Llegando casi al final de su presentación, abordó la VAF y su relevancia en el rastreo de mutaciones, lo que permite comprender la dinámica clonal del tumor. Para ello, destacó que “muchas de las mutaciones son detectables tras la primera o segunda progresión de la enfermedad”.
Sin embargo, mencionó que “en la tercera progresión, una única clona tiende a dominar el proceso”. En estos casos, los pacientes recibieron cirugía combinada con terapia (CX+T) en la primera línea de tratamiento, seguidos de una segunda línea con TD-Xd y, posteriormente, una tercera línea con CX. Según la interpretación expuesta, durante la tercera progresión, la administración de TD-Xd podría ser el factor que favorece esta situación.
Gerlinger concluyó su intervención admitiendo que “las pruebas de ctDNA en enfermedad mínima residual (EMR) en la fase inicial del adenocarcinoma gastroesofágico (GOA, por sus siglas en inglés) ofrecen una oportunidad para optimizar el tratamiento mediante estrategias de desescalada o intensificación”. Sin embargo, precisó que “se requieren pruebas más sensibles para mejorar la detección y el seguimiento de la enfermedad”. “El rastreo ultraprofundo de ctDNA del exoma completo en GOA metastásico ha permitido identificar la evolución de nuevas y extensas aberraciones en el número de copias, así como la ocurrencia de barridos clonales a lo largo del proceso”, reiteró. Con la mirada puesta en el futuro, consideró fundamental investigar nuevos impulsores recurrentes y evaluar sus implicaciones clínicas para optimizar el manejo de la enfermedad.
Cáncer de pulmón
Tras la presentación de Gerlinger, le siguió la de Alex M. Frankell, del Early Cancer Institute de la Universidad de Cambridge, quien presentó un seguimiento longitudinal de la dinámica clonal del cáncer de pulmón utilizando ctDNA. En primer lugar, Frankell subrayó que “la evolución somática es un caso particular de un proceso más amplio que ocurre en distintas líneas tumorales”. A continuación, mencionó que “cuando se reseca un tumor, es posible identificar múltiples clonas en su composición, un fenómeno que ha sido objeto de investigaciones pioneras por parte de científicos anteriores”.
Además de ello, expresó que “las clonas pueden definirse mediante el uso de códigos de barras genéticos, lo que permite determinar su relación evolutiva, identificando si son células hermanas o progenitoras, y así construir la filogenia clonal, equivalente a un árbol genealógico del tumor”.
El ctDNA se considera una plataforma ideal para el estudio de la evolución clonal del cáncer, pues “su análisis permite realizar un seguimiento evolutivo personalizado a través del programa ECLIPSE, monitorizar la respuesta a la terapia y predecir la aparición de metástasis”, dijo. No obstante, insistió en que “la obtención de muestras exhaustivas sigue siendo un gran desafío debido a la heterogeneidad tumoral”.
“Dado que el muestreo completo de un tumor heterogéneo a lo largo del tiempo y el espacio es extremadamente complejo, el ctDNA se posiciona como una herramienta clave para el seguimiento longitudinal de los tumores en distintas localizaciones de la enfermedad”, preció Frankell.
El experto mencionó que, en un análisis realizado con 143 pacientes rastreados longitudinalmente a través de cuatro estudios, “se evaluó la fracción alélica mutante media máxima en cualquier muestra con el objetivo de establecer la clonalidad y los límites de detección en los procesos de descubrimiento de nuevas alteraciones genéticas”.
Retomando el programa ECLIPSE, Frankell explicó que se centra en la extracción de clonalidad mediante biopsias líquidas y emplea diversos procesos avanzados para mejorar la precisión del análisis. “Estos incluyen la eliminación del ruido de fondo, el cálculo de la pureza de la muestra, el filtrado de la calidad de los clones, la detección de clones de alta confianza, y las estimaciones de la fracción de células cancerosas (CCF), junto con cálculos de potencia de CCF”, dijo. Por tanto, añadió que “ECLIPSE utiliza las VAF precisas obtenidas del plasma y realiza correcciones del ruido de fondo para identificar el número de copias en plasma”.
En cuanto a la detección de subclones, admitió que se logró una tasa de detección del 92% para los subclones con una fracción de CCF del 20% y una fracción de ctDNA del 0,1%. “Esto se obtuvo utilizando 10ng de ADN de entrada y rastreando cuatro mutaciones por subclón”, matizó. Seguidamente, confirmó que “a través de diferentes adaptaciones analíticas, se demostró que ECLIPSE es capaz de detectar subclones con gran precisión”.
Un ejemplo ilustrativo del seguimiento longitudinal de la dinámica clonal lo mostró con el paciente CRUK0484, un caso de carcinoma pleomórfico en estadio IIA. “Este paciente, de 67 años, mostró cómo los clones definidos en los códigos de barras pueden explicar la dinámica del tumor frente a la resistencia a la quimioterapia, permitiendo entender mejor los cambios en la clonalidad del tumor a lo largo del tiempo”, pronunció.
En relación con los procesos metastásicos, argumentó que “los patrones de diseminación se determinaron mediante la arquitectura clonal del ctDNA, identificando tres tipos de patrones metastásicos: monoclonal, monofilético policlonal y policlonal polifilético”. El experto concluyó que los análisis demostraron que “la diseminación policlonal detectada en el ADN libre de células (cfDNA, por sus siglas en inglés) tiene una mayor sensibilidad para predecir recaídas, en comparación con las muestras de tejido, y está asociada con un peor pronóstico”.
